It’s only a matter of time とは 文字通り「時間の問題だ」という意味です。この表現は「It’s only a matter of time before + 現在形の文」で表されることが多いで、「～するのは時間の問題だ」と言う意味です。いつ起こるか分からないけど、何かがいずれ確実に起こるという意味です。

• It was only a matter of time.
  それは時間の問題だった。
• It’s only a matter of time before that happens.
  それが起こるのは時間の問題だ
• I knew it was only a matter of time.
  時間の問題だと思った。
• It’s only a matter of time before he finds out.
  彼がそのことに気付くのは時間の問題だ

fact (事実), trust (信頼), time (時間), life and death (死活) などの名詞は a matter of (～の問題) と使われることも多いです。

• a matter of fact
  実は … (事実問題)
• a matter of trust
  信頼の問題
• a matter of time
  時間の問題
• a matter of life and death
  死活問題