まずは I don’t understand と I can’t understand の違いを説明したいと思います。

• I don’t understand
  分かりません
• I can’t understand
  理解できない

I don’t understand は「自然と理解できない」というニュアンスです。can は「能力」を表す助動詞ですから、can を使うと「(どうしても) 理解できない」という意味になります。「理解しようと懸命に努力したが、理解できない」などのニュアンスを持っています。

I don’t/can’t understand why …

上記の表現の後ろに「why + 完全な文」を付けて使うことができます。そうすると「なぜ～したのか分からない」という意味になります。

• I don’t understand why …
  なぜ～したのか分からない
• I can’t understand why …
  なぜ～したのか理解できない

why の後ろには、理解できないことを付けて表現します。いくつかの例文をお見せします。

• I don’t understand why he so suddenly quit his job.
  どうして彼がそんなに急に仕事を辞めたか分かりません。
• I don’t understand why we have to do this.
  なぜこれをしなければならないのかわからない。
• I didn’t understand why she was opposed to my opinion.
  どうして彼女が僕の意見に反対なのか分かりませんでした。
• I can’t understand why he did something like that.
  彼がなぜそんなことをしたのか理解できません
• I can’t understand why I was rejected.
  なぜ私が拒絶されたのか理解できません。
• I couldn’t understand why Tom wanted to quit school.
  トムがなぜ学校をやめたがっているのか、私には理解できなかった。