Something came up は「用事ができてしまった」という意味です。このフレーズは、急用ができて約束などをキャンセルしないといけない時に使われます。something は「何か」や「ある事」という意味ですね。この (to) come up は「発生する」を意味します。

• I’m sorry, something came up.
  すみません、用事ができてしまいました
• Something came up at work, I’m sorry.
  仕事で用事ができてしまって、すみません。
• Sorry, something came up at home.
  家で用事ができてしまって、ごめんね。
• Sorry, I can’t make it to lunch today. Something came up.
  ごめん、今日ランチ行けないよ。ちょっと用事できちゃった。
• Sorry, something came up and I couldn’t call you back.
  ごめんね。ちょっと用事が入っちゃって掛け直せなかった。